Ο Πανναξιακός Α.Ο. έχει κατακτήσει 7 φορές το πρωτάθλημα και 6 φορές το κύπελλο Κυκλάδων. Το μοναδικό νταμπλ στην ιστορία του το κατέκτησε την περίοδο 2014-2015, ενώ έχει και ρεκόρ συμμετοχών σε τελικούς του Κυπέλλου της ΕΠΣ Κυκλάδων με συμμετοχή σε 19 τελικούς. Έχει αγωνιστεί οκτώ σεζόν στη Δ΄ Εθνική, τις πέντε συνεχόμενες (2003 ως 2008), στην οποία αγωνίστηκε και το 2011-12. Τη σεζόν 2013-14 αγωνίστηκε για πρώτη φορά στη Γ’ Εθνική, στην οποία επανήλθε τη σεζόν 2020-21.

Από τον Πανναξιακό ξεκίνησαν την καριέρα τους πολλά γνωστά ονόματα του χώρου, όπως ο διεθνής με την Εθνική Νέων ποδοσφαιριστής Άλμπι Κόντι που έκανε καριέρα στον Πανιώνιο.

Από τις ακαδημίες του συλλόγου αναδείχθηκε ο διεθνής αμυντικός Κώστας Μανωλάς που κάνει πλέον διεθνή καριέρα.

Ο πρώην ποδοσφαιριστής της ΑΕΚ Βασίλης Ρόβας ξεκίνησε την καριέρα του τη σεζόν 2003-2004 από τον Πανναξιακό.

Σπλάχνο της ομάδας θεωρείται από τα γεννοφάσκια του και ο Γιάννης Κωστόπουλος με μεγάλη και πλούσια καριέρα στην Football league, ενώ άλλος ένας Ναξιώτης ποδοσφαιριστής που αναδείχθηκε από την ομάδα με συμμετοχές σε Football league και Football league 2 είναι ο Αντώνης Πιτταράς.

Ο νεότερος της παρέας των Ναξιωτών ποδοσφαιριστών του Πανναξιακού που κάνουν καριέρα σε μεγαλύτερες κατηγορίες και ανδρώθηκαν ποδοσφαιρικά στον Πανναξιακό είναι ο Μανώλης Πολυκρέτης με μεταγραφές σε ομάδες όπως Σπάρτη και Αιγάλεω.

Ως προπονητές της ομάδας εργάστηκαν με επιτυχία στο παρελθόν ο Νόνι Λίμα (2004-05 και 2006-07), παλαίμαχος ποδοσφαιριστής-‘σημαία’ του Πανιωνίου, καθώς και ο Γιώργος Βλαστός (2012-13), παλαίμαχος ποδοσφαιριστής του ΟΦΗ.

Είναι ο πιο επιτυχημένος ποδοσφαιρικός σύλλογος του νησιού και ένας από τους πιο επιτυχημένους των Κυκλάδων, καθώς έχει αποτελέσει για πολλά χρόνια τον πρεσβευτή του Νομού στις εθνικές κατηγορίες (Δ’ και Γ’ Εθνική).

Τίτλοι-διακρίσεις

1983

1993

1999

2003

2011

2015

2020

1987

2004

2007

2012

2013

2015.

1985, 1986, 1989, 1993, 1994, 1995, 2000, 2003, 2004, 2006,
2010, 2011, 2017.

2013-14 ( 6ος όμιλος): 14η θέση/15 ομάδες, 17 β. (21-46 γκολ)
2020-21 (6 ος όμιλος): σε εξέλιξη

1983-84 (1ος όμιλος): 18η θέση/18 ομάδες, -6 β. (22-80 γκολ, τιμ. -14 βαθμοί)
1991-92 (2ος όμιλος): 15η θέση/17 ομάδες, 14 β. (24-64 γκολ, τιμ. -2 βαθμοί)
1993-94 (2ος όμιλος): 10η θέση/16 ομάδες, 41 β. (44-44 γκολ)
2003-04 (7ος όμιλος): 10η θέση/15 ομάδες, 33 β. (26-29 γκολ)
2004-05 (7ος όμιλος): 2η θέση/14 ομάδες, 49 β. (34-14 γκολ)
2005-06 (9ος όμιλος): 4η θέση/15 ομάδες, 44 β. (38-32 γκολ)
2006-07 (8ος όμιλος): 9η θέση/15 ομάδες, 39 β. (36-25 γκολ)
2007-08 (8ος όμιλος): 13η θέση/14 ομάδες, 24 β. (22-34 γκολ)
2011-12(8ος Όμιλος): 5η θέση/15 ομάδες, 44 β. (37-23 γκολ)
2012-13 (9ος όμιλος): 4η θέση/12 ομάδες, 40 β. (39-17 γκολ)